Node 58
Ancestral DNA sequence:
Probabilities of bases and MPB (most probable base) at each site.
Site	A	C	G	T	MPB	Probability
1	1	0	0	0	A	1
2	0	0	0	1	T	1
3	0	0	1	0	G	1
4	0	0.95	0	0.04	C	0.95
5	0.1	0.04	0.79	0.07	G	0.79
6	0.16	0.37	0.12	0.35	C	0.37
7	0.56	0.11	0.25	0.08	A	0.56
8	0	0	0	1	T	1
9	0.22	0.28	0.2	0.3	T	0.3
10	0.06	0.27	0.06	0.61	T	0.61
11	0.88	0.01	0.01	0.1	A	0.88
12	0.04	0.5	0.04	0.42	C	0.5
13	0.26	0.01	0.72	0.01	G	0.72
14	0.99	0	0.01	0	A	0.99
15	0.11	0.47	0.11	0.31	C	0.47
16	1	0	0	0	A	1
17	0.42	0.07	0.44	0.07	G	0.44
18	0.01	0.61	0.01	0.37	C	0.61
19	0.09	0.36	0.13	0.42	T	0.42
20	0	0	0	1	T	1
21	0.19	0.3	0.2	0.31	T	0.31
22	0.07	0.04	0.64	0.25	G	0.64
23	0.29	0.33	0.18	0.19	C	0.33
24	0.29	0.23	0.26	0.22	A	0.29
25	0.13	0.01	0.86	0.01	G	0.86
26	0.83	0.06	0.04	0.07	A	0.83
27	0.38	0.08	0.44	0.1	G	0.44
28	0	0	0	1	T	1
29	0	0	0	1	T	1
30	0.09	0.39	0.1	0.42	T	0.42
31	0.13	0.26	0.48	0.13	G	0.48
32	0.74	0.02	0.22	0.02	A	0.74
33	0.3	0.21	0.28	0.22	A	0.3
34	0.32	0.17	0.35	0.17	G	0.35
35	0.24	0.26	0.23	0.27	T	0.27
36	0.2	0.35	0.18	0.27	C	0.35
37	0.18	0.3	0.21	0.32	T	0.32
38	0.15	0.06	0.61	0.17	G	0.61
39	0.21	0.28	0.19	0.31	T	0.31
40	0.02	0.07	0	0.91	T	0.91
41	0	0.01	0	0.99	T	0.99
42	0.27	0.25	0.26	0.22	A	0.27
43	0.31	0.09	0.48	0.12	G	0.48
44	0.31	0.07	0.59	0.04	G	0.59
45	0.21	0.29	0.21	0.3	T	0.3
46	0.28	0.15	0.44	0.13	G	0.44
47	0.42	0.08	0.42	0.07	G	0.42
48	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
49	0.05	0	0.95	0	G	0.95
50	0.36	0.01	0.59	0.04	G	0.59
51	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
52	0.14	0.6	0.08	0.17	C	0.6
53	0.29	0.01	0.69	0.01	G	0.69
54	0.29	0.22	0.27	0.21	A	0.29
55	0.99	0	0.01	0	A	0.99
56	0.87	0	0.13	0	A	0.87
57	0.64	0.03	0.31	0.03	A	0.64
58	0	0	0	1	T	1
59	0	0	1	0	G	1
60	0	0	1	0	G	1
61	0.56	0.2	0.1	0.15	A	0.56
62	0.29	0.24	0.08	0.39	T	0.39
63	0.27	0.08	0.56	0.09	G	0.56
64	0	1	0	0	C	1
65	0	0	1	0	G	1
66	0.31	0.19	0.27	0.24	A	0.31
67	0.03	0.02	0.01	0.95	T	0.95
68	0.03	0.46	0.25	0.26	C	0.46
69	0.07	0.45	0.06	0.42	C	0.45
70	0.38	0.15	0.33	0.14	A	0.38
71	0.02	0.04	0.18	0.76	T	0.76
72	0.21	0.28	0.21	0.29	T	0.29
73	0	0.01	0.99	0	G	0.99
74	1	0	0	0	A	1
75	0.17	0.01	0.81	0.01	G	0.81
76	0	0	1	0	G	1
77	0	1	0	0	C	1
78	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
79	1	0	0	0	A	1
80	0	0	0	1	T	1
81	0.03	0.43	0.03	0.51	T	0.51
82	0.44	0.06	0.45	0.06	G	0.45
83	0.32	0.04	0.62	0.03	G	0.62
84	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
85	0.92	0.02	0.06	0	A	0.92
86	1	0	0	0	A	1
87	0.25	0.29	0.27	0.19	C	0.29
88	0.23	0.15	0.4	0.21	G	0.4
89	0	0.49	0	0.5	T	0.5
90	0.2	0.31	0.25	0.24	C	0.31
91	0.54	0.08	0.31	0.06	A	0.54
92	0.32	0.27	0.22	0.18	A	0.32
93	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
94	0.02	0.21	0.01	0.75	T	0.75
95	0.2	0.16	0.56	0.08	G	0.56
96	0.17	0.28	0.18	0.38	T	0.38
97	0.11	0.54	0.05	0.31	C	0.54
98	0	0	0	1	T	1
99	0.27	0.29	0.25	0.18	C	0.29
100	0.25	0.28	0.17	0.29	T	0.29
101	0.11	0.58	0.1	0.21	C	0.58
102	0.22	0.24	0.27	0.26	G	0.27
103	0.5	0.11	0.24	0.14	A	0.5
104	0.61	0.1	0.16	0.13	A	0.61
105	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
106	0	0	1	0	G	1
107	0.82	0	0.18	0	A	0.82
108	0.07	0.45	0.07	0.41	C	0.45
109	0.09	0	0.91	0	G	0.91
110	0.05	0.43	0.01	0.51	T	0.51
111	0.25	0.25	0.26	0.24	G	0.26
112	0.39	0.01	0.58	0.01	G	0.58
113	0.01	0.86	0.01	0.11	C	0.86
114	0.15	0.32	0.17	0.37	T	0.37
115	0	0.03	0	0.97	T	0.97
116	1	0	0	0	A	1
117	0.05	0.47	0.05	0.44	C	0.47
118	0	0	0	1	T	1
119	0	1	0	0	C	1
120	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
121	0.86	0.03	0.1	0.01	A	0.86
122	0	0	0	1	T	1
123	0.23	0.28	0.22	0.27	C	0.28
124	0	0	1	0	G	1
125	0	0	1	0	G	1
126	0.25	0.25	0.26	0.24	G	0.26
127	0	0	1	0	G	1
128	1	0	0	0	A	1
129	0.02	0.16	0.02	0.81	T	0.81
130	0	0.01	0	0.98	T	0.98
131	0	0.99	0	0.01	C	0.99
132	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
133	0.03	0.88	0.01	0.08	C	0.88
134	0	0	0	1	T	1
135	0.13	0.14	0.55	0.18	G	0.55
136	0.83	0.01	0.14	0.01	A	0.83
137	0	0.92	0	0.08	C	0.92
138	0.24	0.27	0.23	0.26	C	0.27
139	0	0	0	1	T	1
140	0.1	0.01	0.01	0.88	T	0.88
141	0.06	0.43	0.06	0.45	T	0.45
142	0	0.34	0	0.66	T	0.66
143	0	0	1	0	G	1
144	0.22	0.19	0.46	0.13	G	0.46
145	0.49	0.08	0.36	0.08	A	0.49
146	0	0.96	0	0.04	C	0.96
147	0.18	0.29	0.19	0.34	T	0.34
148	0.23	0.12	0.57	0.08	G	0.57
149	0.4	0.15	0.28	0.17	A	0.4
150	0.25	0.24	0.24	0.26	T	0.26
151	0.32	0.18	0.36	0.14	G	0.36
152	0.29	0.27	0.25	0.19	A	0.29
153	0.23	0.26	0.24	0.27	T	0.27
154	0.08	0.02	0.86	0.04	G	0.86
155	0.01	0.75	0.02	0.22	C	0.75
156	0.28	0.22	0.29	0.22	G	0.29
157	0.25	0.24	0.27	0.23	G	0.27
158	0.22	0.26	0.31	0.21	G	0.31
159	0.25	0.26	0.24	0.25	C	0.26
160	0.25	0.1	0.52	0.13	G	0.52
161	0.32	0.18	0.34	0.15	G	0.34
162	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
163	0.22	0.29	0.23	0.25	C	0.29
164	0.08	0.23	0.08	0.61	T	0.61
165	0.22	0.26	0.24	0.27	T	0.27
166	0.28	0.12	0.48	0.12	G	0.48
167	0.04	0.54	0.04	0.38	C	0.54
168	0.21	0.28	0.21	0.29	T	0.29
169	0.15	0.01	0.82	0.01	G	0.82
170	0.47	0.16	0.24	0.13	A	0.47
171	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
172	0.3	0.05	0.62	0.03	G	0.62
173	0.56	0.07	0.31	0.06	A	0.56
174	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
175	0.13	0.48	0.15	0.24	C	0.48
176	0.29	0.04	0.61	0.05	G	0.61
177	0.29	0.18	0.33	0.2	G	0.33
178	0	0.02	0	0.98	T	0.98
179	0.01	0	0	0.99	T	0.99
180	0.11	0.36	0.11	0.43	T	0.43
181	0.46	0.02	0.49	0.02	G	0.49
182	0.06	0.47	0.06	0.4	C	0.47
183	0.23	0.31	0.21	0.26	C	0.31
184	0	0	1	0	G	1
185	0	0	1	0	G	1
186	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
187	0.12	0.46	0.08	0.34	C	0.46
188	0.54	0.05	0.39	0.02	A	0.54
189	0.26	0.21	0.35	0.19	G	0.35
190	0.05	0.92	0.01	0.02	C	0.92
191	0	0	1	0	G	1
192	0.19	0.31	0.22	0.28	C	0.31
193	0	1	0	0	C	1
194	0	0	1	0	G	1
195	0.29	0.22	0.29	0.21	G	0.29
196	0	0	0	1	T	1
197	1	0	0	0	A	1
198	0.07	0.42	0.07	0.43	T	0.43
199	0	0.97	0	0.03	C	0.97
200	0.91	0.01	0.02	0.06	A	0.91
201	0.15	0.43	0.13	0.29	C	0.43
202	0.85	0	0.14	0	A	0.85
203	0.01	0.86	0.01	0.12	C	0.86
204	0.25	0.22	0.28	0.24	G	0.28
205	0.04	0	0.96	0	G	0.96
206	0	0.02	0	0.98	T	0.98
207	0.35	0.05	0.55	0.05	G	0.55
208	0.05	0.61	0.07	0.28	C	0.61
209	0	0	0	1	T	1
210	0.18	0.29	0.29	0.24	G	0.29
211	0	0	0	1	T	1
212	0.81	0.16	0.02	0.01	A	0.81
213	0.12	0.29	0.27	0.32	T	0.32
214	0	0.09	0	0.9	T	0.9
215	0.01	0.92	0.01	0.07	C	0.92
216	0.03	0.64	0.04	0.29	C	0.64
217	0.51	0.03	0.44	0.02	A	0.51
218	0	0	0	1	T	1
219	0.26	0.24	0.26	0.23	G	0.26
220	0.21	0	0.78	0	G	0.78
221	0.47	0.05	0.44	0.04	A	0.47
222	0.16	0.46	0.14	0.24	C	0.46
223	0	0	1	0	G	1
224	0.02	0	0.98	0	G	0.98
225	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
226	0.3	0.22	0.29	0.19	A	0.3
227	0.16	0.64	0.07	0.13	C	0.64
228	0.25	0.22	0.29	0.24	G	0.29
229	0.03	0.02	0.91	0.04	G	0.91
230	0	0.08	0	0.91	T	0.91
231	0.22	0.29	0.18	0.31	T	0.31
232	0.22	0.1	0.46	0.22	G	0.46
233	0.22	0.42	0.15	0.21	C	0.42
234	0.22	0.27	0.23	0.28	T	0.28
235	0.4	0.01	0.57	0.01	G	0.57
236	0	0	0	1	T	1
237	0.24	0.25	0.25	0.26	T	0.26
238	0	0	0.99	0.01	G	0.99
239	1	0	0	0	A	1
240	0.16	0.25	0.2	0.39	T	0.39
241	0.4	0.07	0.44	0.08	G	0.44
242	0.01	0.1	0.01	0.88	T	0.88
243	0.21	0.28	0.22	0.29	T	0.29
244	0.02	0.02	0.95	0.01	G	0.95
245	0	0.99	0.01	0	C	0.99
246	0.23	0.26	0.23	0.27	T	0.27
247	0.25	0.25	0.29	0.21	G	0.29
248	0.35	0.19	0.3	0.16	A	0.35
249	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
250	1	0	0	0	A	1
251	1	0	0	0	A	1
252	0.81	0.01	0.17	0.01	A	0.81
253	0.28	0.21	0.29	0.21	G	0.29
254	0.26	0.24	0.27	0.22	G	0.27
255	0.27	0.23	0.27	0.23	G	0.27
256	0.34	0.14	0.39	0.14	G	0.39
257	0.3	0.23	0.26	0.22	A	0.3
258	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
259	0.03	0.44	0.03	0.5	T	0.5
260	0	0	0	1	T	1
261	0.3	0.19	0.31	0.19	G	0.31
262	0.2	0.39	0.24	0.17	C	0.39
263	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
264	0.27	0.24	0.26	0.23	A	0.27
265	0.21	0.32	0.21	0.27	C	0.32
266	0.07	0.6	0.07	0.27	C	0.6
267	0.27	0.23	0.27	0.23	G	0.27
268	0.05	0	0.95	0	G	0.95
269	0.01	0.28	0.01	0.7	T	0.7
270	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
271	0.29	0.09	0.53	0.09	G	0.53
272	0.44	0.1	0.38	0.09	A	0.44
273	0.26	0.25	0.25	0.25	A	0.26
274	0.18	0.28	0.38	0.16	G	0.38
275	0.08	0.6	0.11	0.2	C	0.6
276	0.21	0.31	0.2	0.28	C	0.31
277	0	0	0	1	T	1
278	1	0	0	0	A	1
279	0.05	0.48	0.05	0.41	C	0.48
280	0.73	0.06	0.15	0.06	A	0.73
281	0.13	0.02	0.82	0.02	G	0.82
282	0.17	0.34	0.17	0.32	C	0.34
283	0	0	1	0	G	1
284	1	0	0	0	A	1
285	0.04	0.48	0.04	0.43	C	0.48
286	0.04	0.43	0.24	0.28	C	0.43
287	0	0.01	0	0.99	T	0.99
288	0.15	0.26	0.2	0.39	T	0.39
289	0.9	0.01	0.03	0.06	A	0.9
290	0	0.97	0.01	0.01	C	0.97
291	0.2	0.31	0.22	0.27	C	0.31
292	0	0	1	0	G	1
293	1	0	0	0	A	1
294	0.05	0.38	0.05	0.52	T	0.52
295	0	0.98	0	0.01	C	0.98
296	0	0	1	0	G	1
297	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
298	0	0	1	0	G	1
299	1	0	0	0	A	1
300	0.68	0.02	0.28	0.02	A	0.68
301	0	0.1	0	0.89	T	0.89
302	0.28	0.22	0.26	0.25	A	0.28
303	0.2	0.28	0.21	0.3	T	0.3
304	0.03	0.2	0.03	0.74	T	0.74
305	0	0	0	1	T	1
306	0.13	0.41	0.13	0.33	C	0.41
307	0.41	0.06	0.48	0.06	G	0.48
308	0.34	0.2	0.22	0.24	A	0.34
309	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
310	0	0	1	0	G	1
311	0.02	0	0.98	0	G	0.98
312	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
313	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
314	0.31	0.29	0.22	0.18	A	0.31
315	0.26	0.24	0.26	0.25	G	0.26
316	0	0	0	0	-	0
317	0	0	0	0	-	0
318	0	0	0	0	-	0
319	0	0	1	0	G	1
320	0	0	1	0	G	1
321	0.26	0.25	0.25	0.24	A	0.26
322	0.13	0.02	0.82	0.02	G	0.82
323	0.87	0.02	0.08	0.04	A	0.87
324	0.39	0.07	0.47	0.07	G	0.47
325	0.25	0.42	0.14	0.19	C	0.42
326	0.15	0.42	0.17	0.26	C	0.42
327	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
328	0.21	0.14	0.48	0.17	G	0.48
329	0.15	0.25	0.17	0.42	T	0.42
330	0.2	0.3	0.2	0.3	T	0.3
331	0.16	0.42	0.18	0.25	C	0.42
332	0.36	0.14	0.2	0.3	A	0.36
333	0.24	0.26	0.26	0.24	G	0.26
334	0.25	0.2	0.28	0.26	G	0.28
335	0	0	0	1	T	1
336	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
337	0.16	0.41	0.16	0.28	C	0.41
338	0.3	0.25	0.24	0.21	A	0.3
339	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
340	0.21	0.04	0.72	0.04	G	0.72
341	0.62	0.12	0.13	0.14	A	0.62
342	0.31	0.26	0.23	0.2	A	0.31
343	0	0	1	0	G	1
344	0	0	1	0	G	1
345	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
346	0.03	0	0.97	0	G	0.97
347	0.05	0	0.94	0	G	0.94
348	0.12	0.39	0.12	0.36	C	0.39
349	0.63	0.06	0.26	0.05	A	0.63
350	0	0	0	1	T	1
351	0.19	0.29	0.21	0.31	T	0.31
352	0.03	0.82	0.05	0.1	C	0.82
353	0.01	0.09	0.02	0.88	T	0.88
354	0.25	0.24	0.26	0.24	G	0.26
355	0.9	0.03	0.05	0.01	A	0.9
356	0	0	0	1	T	1
357	0.04	0.32	0.04	0.6	T	0.6
358	0.07	0	0.93	0	G	0.93
359	0	0.02	0	0.97	T	0.97
360	0.11	0.34	0.13	0.43	T	0.43
361	0	0	1	0	G	1
362	1	0	0	0	A	1
363	0.25	0.25	0.24	0.26	T	0.26
364	0.98	0	0.02	0	A	0.98
365	0.18	0.12	0.07	0.63	T	0.63
366	0.25	0.3	0.28	0.16	C	0.3
367	0.21	0.27	0.21	0.31	T	0.31
368	0.64	0.07	0.26	0.03	A	0.64
369	0.08	0.44	0.08	0.39	C	0.44
370	0.09	0.01	0.89	0.01	G	0.89
371	1	0	0	0	A	1
372	0.38	0.04	0.54	0.04	G	0.54
373	0	0	1	0	G	1
374	0	1	0	0	C	1
375	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
376	0.12	0.11	0.11	0.67	T	0.67
377	0.08	0.17	0.03	0.72	T	0.72
378	0.05	0.43	0.08	0.43	T	0.43
379	0.02	0.94	0.01	0.03	C	0.94
380	0.05	0	0.95	0	G	0.95
381	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
382	0.95	0	0.04	0	A	0.95
383	0	0	0	1	T	1
384	0.14	0.33	0.11	0.41	T	0.41
385	0.22	0.35	0.19	0.25	C	0.35
386	0.18	0.28	0.16	0.38	T	0.38
387	0.14	0.42	0.16	0.28	C	0.42
388	0.16	0.35	0.3	0.19	C	0.35
389	0.29	0.32	0.32	0.06	G	0.32
390	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
391	0.43	0.14	0.32	0.11	A	0.43
392	0.34	0.34	0.21	0.11	C	0.34
393	0.25	0.26	0.24	0.26	T	0.26
394	0.19	0.29	0.19	0.33	T	0.33
395	0.09	0.71	0.06	0.15	C	0.71
396	0.03	0.63	0.03	0.31	C	0.63
397	0.22	0.13	0.49	0.16	G	0.49
398	0.48	0.11	0.28	0.13	A	0.48
399	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
400	0	0	1	0	G	1
401	0.02	0.75	0.06	0.18	C	0.75
402	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
403	0	0	0	0	-	0
404	0	0	0	0	-	0
405	0	0	0	0	-	0
406	0	0	0	0	-	0
407	0	0	0	0	-	0
408	0	0	0	0	-	0
409	0.24	0.27	0.31	0.18	G	0.31
410	0.24	0.06	0.62	0.09	G	0.62
411	0.31	0.22	0.28	0.2	A	0.31
412	0.05	0	0.93	0.02	G	0.93
413	0	0.05	0	0.95	T	0.95
414	0.39	0.15	0.34	0.11	A	0.39
415	0.28	0.02	0.64	0.06	G	0.64
416	0	0.02	0	0.98	T	0.98
417	0.28	0.13	0.46	0.13	G	0.46
418	0.18	0.33	0.4	0.09	G	0.4
419	0.03	0.02	0.01	0.94	T	0.94
420	0.27	0.08	0.57	0.08	G	0.57
421	0.1	0.31	0.51	0.09	G	0.51
422	0	0.02	0	0.98	T	0.98
423	0.15	0.34	0.16	0.34	T	0.34
424	0.01	0.91	0.01	0.07	C	0.91
425	0.86	0	0.13	0	A	0.86
426	0.18	0.38	0.21	0.23	C	0.38
427	0	0	1	0	G	1
428	0	0	0	1	T	1
429	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
430	1	0	0	0	A	1
431	0	1	0	0	C	1
432	0.24	0.25	0.29	0.23	G	0.29
433	0.14	0.01	0.84	0.01	G	0.84
434	0	0	0	1	T	1
435	0.18	0.31	0.19	0.32	T	0.32
436	0	0	1	0	G	1
437	1	0	0	0	A	1
438	0.38	0.01	0.6	0.01	G	0.6
439	0	0	1	0	G	1
440	0.01	0	0.99	0	G	0.99
441	0.14	0.33	0.17	0.36	T	0.36
442	0.09	0.07	0.23	0.61	T	0.61
443	0.02	0.14	0.07	0.77	T	0.77
444	0.07	0.46	0.07	0.39	C	0.46
445	0.95	0	0.04	0	A	0.95
446	0.08	0.02	0.89	0.01	G	0.89
447	0.08	0.54	0.1	0.28	C	0.54
448	0	0.01	0	0.99	T	0.99
449	0	0	0	1	T	1
450	0.01	0.85	0.01	0.12	C	0.85
451	0.03	0.77	0.03	0.17	C	0.77
452	0.02	0.81	0.01	0.15	C	0.81
453	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
454	1	0	0	0	A	1
455	1	0	0	0	A	1
456	0.06	0.39	0.06	0.49	T	0.49
457	1	0	0	0	A	1
458	1	0	0	0	A	1
459	0.34	0.01	0.65	0.01	G	0.65
460	0	0	0	1	T	1
461	0.92	0	0.08	0	A	0.92
462	0.99	0	0.01	0	A	0.99


The most probable ancestral DNA sequence is:
ATGCGCATTTACGACAGCTTTGCAGAGTTTGAAGTCTGTTTAGGTGGGGGTCGAAAATGGATGCGATCCATTGAGGCTATTGGTAACGTCAAGTGTCTCTCGAATGACGTGGCTTACTCTATCGGGGATTCTCTGACCTTTTGGACTGATGATGCGGGCGGTCTTGCTGAGGATCGGTTTGCCGGTCAGCGCCGGTATCACACGGTGCTGTATTCCATGGACGGTACGGTTGCTGTTGATGTTGCTGATAAAGGGGATTTGCTACCGGTTGAAGCCTACAGCGACCTTACCGATCGTGAATATTTCGATGGTTAG---GGAGAGCCTGTTCAGGTGCATGAAGGTGGCATTCTGATTGTTGATATCTACGAGGCGTTTCGTATTCTCCGTACTTCCGATGCT------GGAGTAGTGGTGGTTCACGTTACGGTTGAGGGTTTCAGCTTCCCTAATAAGTAA

The most probable DNA sequence without gaps is:
ATGCGCATTTACGACAGCTTTGCAGAGTTTGAAGTCTGTTTAGGTGGGGGTCGAAAATGGATGCGATCCATTGAGGCTATTGGTAACGTCAAGTGTCTCTCGAATGACGTGGCTTACTCTATCGGGGATTCTCTGACCTTTTGGACTGATGATGCGGGCGGTCTTGCTGAGGATCGGTTTGCCGGTCAGCGCCGGTATCACACGGTGCTGTATTCCATGGACGGTACGGTTGCTGTTGATGTTGCTGATAAAGGGGATTTGCTACCGGTTGAAGCCTACAGCGACCTTACCGATCGTGAATATTTCGATGGTTAGGGAGAGCCTGTTCAGGTGCATGAAGGTGGCATTCTGATTGTTGATATCTACGAGGCGTTTCGTATTCTCCGTACTTCCGATGCTGGAGTAGTGGTGGTTCACGTTACGGTTGAGGGTTTCAGCTTCCCTAATAAGTAA

The accuracy score for that sequence is 0.626203090507726

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable bases.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 1.86853042284432e-116.
The natural log of that probability is -266.474718535537.

Ancestral Protein Sequence:
Column headings:
MPAA = most probable amino acid, pMPAA = probability of MPAA
MPAA2 = second most probable amino acid, pMPAA2 = probability of MPAA2
Ratio = pMPAA/pMPAA2,  Unreliable means Ratio <1.5

MPAA	pMPAA	MPAA2	pMPAA2	Ratio
M	1	A	0	9999	
R	0.7505	H	0.0684	10.9722222222222	
I	0.448	V	0.25	1.792	
Y	0.493856	H	0.218592	2.25925925925926	
D	0.555984	N	0.200772	2.76923076923077	
S	0.4312	N	0.4116	1.04761904761905	Unreliable
L	0.5238	F	0.2562	2.04449648711944	
A	0.2112	V	0.1216	1.73684210526316	
E	0.585316	D	0.128484	4.55555555555556	
F	0.81	L	0.19	4.26315789473684	
E	0.206016	D	0.152736	1.34883720930233	Unreliable
V	0.0945	A	0.091	1.03846153846154	Unreliable
R	0.22509	G	0.126819	1.77489177489177	
L	0.546777	F	0.423423	1.29132569558101	Unreliable
G	0.286032	R	0.130449	2.19267299864315	
G	0.1848	R	0.124152	1.48849797023004	Unreliable
G	0.5605	D	0.171	3.27777777777778	
R	0.463956	Q	0.09744	4.76145320197044	
K	0.818235	R	0.122265	6.69230769230769	
W	1	A	0	9999	
K	0.134792	T	0.1344	1.00291666666667	Unreliable
R	1.01	A	0	9999	
S	0.443525	F	0.21489	2.06396295779236	
V	0.248292	I	0.225264	1.10222672064777	Unreliable
E	0.9702	D	0.0198	49	
A	1	R	0	9999	
I	0.97	M	0.03	32.3333333333333	
G	0.279	R	0.168144	1.65929203539823	
K	0.4784	N	0.4416	1.08333333333333	Unreliable
V	0.2	A	0.196	1.02040816326531	Unreliable
T	0.1458	K	0.089856	1.62259615384615	
C	0.2772	S	0.128592	2.15565509518477	
L	0.6958	F	0.1457	4.77556623198353	
S	0.179018	P	0.160776	1.11346220828979	Unreliable
N	0.1525	K	0.1525	1	Unreliable
D	0.7052	G	0.18	3.91777777777778	
V	0.4641	A	0.3913	1.18604651162791	Unreliable
A	0.503788	T	0.338754	1.48717948717949	Unreliable
Y	0.8827	X	0.097	9.1	
S	1	A	0	9999	
I	0.6708	M	0.1892	3.54545454545455	
G	1	A	0	9999	
D	0.97	E	0.04	24.25	
S	0.9702	P	0.0099	98	
L	0.9344	F	0.0256	36.5	
T	0.7636	A	0.1288	5.92857142857143	
F	0.7744	L	0.1056	7.33333333333333	
R	0.34	W	0.3036	1.11989459815547	Unreliable
T	0.4704	A	0.3456	1.36111111111111	Unreliable
G	0.158004	D	0.114	1.386	Unreliable
A	0.0972	G	0.09	1.08	Unreliable
A	0.65145	V	0.191092	3.40909090909091	
R	0.112375	S	0.099325	1.13138686131387	Unreliable
G	0.1768	A	0.0936	1.88888888888889	
L	0.245281	V	0.138897	1.7659200702679	
A	0.256608	V	0.180576	1.42105263157895	Unreliable
E	0.200408	G	0.1968	1.01833333333333	Unreliable
G	0.1922	D	0.1736	1.10714285714286	Unreliable
R	0.341966	G	0.0915	3.73733333333333	
F	0.766458	L	0.233442	3.2832909245123	
A	0.232603	T	0.218362	1.06521739130435	Unreliable
G	1	A	0	9999	
R	0.209742	Q	0.151524	1.38421636176447	Unreliable
R	0.9405	S	0.0295	31.8813559322034	
R	1.01	A	0	9999	
Y	0.85	X	0.14	6.07142857142857	
H	0.635544	Q	0.247156	2.57142857142857	
T	0.72369	A	0.119196	6.07142857142857	
V	0.9408	M	0.02156	43.6363636363636	
L	0.7416	F	0.1484	4.99730458221024	
Y	0.4941	X	0.3183	1.55230914231857	
S	0.828	P	0.0828	10	
V	0.4356	I	0.3723	1.17002417405318	Unreliable
G	0.3432	D	0.25662	1.33738601823708	Unreliable
G	0.98	D	0.0104	94.2307692307692	
T	0.192	A	0.1856	1.03448275862069	Unreliable
V	0.8281	A	0.0728	11.375	
A	0.1932	S	0.11055	1.74762550881954	
V	0.57	I	0.3	1.9	
D	0.6336	E	0.3564	1.77777777777778	
V	0.3872	I	0.27456	1.41025641025641	Unreliable
A	0.931095	P	0.019602	47.5	
R	0.111	G	0.087	1.27586206896552	Unreliable
K	0.98	N	0.02	49	
R	0.097524	S	0.085176	1.14497041420118	Unreliable
G	0.1014	A	0.0897	1.1304347826087	Unreliable
L	0.7406	F	0.19	3.89789473684211	
L	0.129627	R	0.11408	1.13628155680224	Unreliable
P	0.192	S	0.168762	1.1376968748889	Unreliable
V	0.665	A	0.266	2.5	
G	0.203414	E	0.118932	1.71033868092692	
A	0.228	P	0.168	1.35714285714286	Unreliable
Y	0.89	X	0.1	8.9	
S	0.396276	R	0.252724	1.56801886643136	
D	0.91	E	0.08	11.375	
L	0.52272	V	0.2376	2.2	
T	0.873	S	0.06342	13.7653736991485	
D	0.9	E	0.1	9	
R	0.98	C	0.0056	175	
E	0.96	D	0.04	24	
S	0.193842	X	0.148452	1.30575539568345	Unreliable
F	0.5476	L	0.3924	1.39551478083588	Unreliable
V	0.1152	G	0.1056	1.09090909090909	Unreliable
G	0.98	D	0.01	98	
S	0.103877	R	0.086306	1.20358955344935	Unreliable
	0	-	0	0
G	1	A	0	9999	
E	0.613524	D	0.099876	6.14285714285714	
P	0.1764	L	0.1339	1.31740104555638	Unreliable
V	0.2016	A	0.12	1.68	
L	0.1635	R	0.1	1.635	
L	0.3352	V	0.28	1.19714285714286	Unreliable
R	0.115296	L	0.111972	1.0296859929268	Unreliable
E	0.241056	D	0.205344	1.17391304347826	Unreliable
G	1	A	0	9999	
G	0.902682	D	0.036375	24.816	
I	0.4977	V	0.26	1.91423076923077	
L	0.759264	P	0.073062	10.3920505871725	
I	0.864	V	0.05	17.28	
V	0.911121	I	0.059752	15.2483766233766	
D	0.51	E	0.49	1.04081632653061	Unreliable
I	0.438354	M	0.172872	2.53571428571429	
Y	0.164672	H	0.143424	1.14814814814815	Unreliable
E	0.8188	K	0.0828	9.88888888888889	
A	1	R	0	9999	
F	0.414864	L	0.14112	2.93979591836735	
R	0.9025	Q	0.0235	38.4042553191489	
I	0.836	M	0.1045	8	
L	0.1615	P	0.098	1.64795918367347	
R	0.134528	P	0.112	1.20114285714286	Unreliable
T	0.147662	A	0.109888	1.34375	Unreliable
S	0.245016	P	0.2059	1.18997571636717	Unreliable
G	0.1372	D	0.122304	1.12179487179487	Unreliable
A	0.75	V	0.18	4.16666666666667	
	0	-	0	0
	0	-	0	0
R	0.256866	G	0.194122	1.32321941871607	Unreliable
V	0.874665	A	0.046035	19	
V	0.6272	I	0.148176	4.23280423280423	
L	0.381264	V	0.376	1.014	Unreliable
V	0.494802	L	0.328104	1.50806451612903	
H	0.477386	Q	0.305214	1.56410256410256	
V	1	A	0	9999	
T	1.01	A	0	9999	
V	0.84	I	0.1134	7.40740740740741	
E	0.98	D	0.02	49	
G	0.99	D	0.0069	143.478260869565	
F	0.399245	V	0.175329	2.27711901624945	
S	0.69331	R	0.15219	4.55555555555556	
F	0.9603	L	0.0297	32.3333333333333	
P	0.6237	S	0.137862	4.524089306698	
N	0.88	K	0.12	7.33333333333333	
K	0.99	N	0.02	49.5	
X	0.9992	W	0.0008	1249	


The most probable ancestral protein sequence is:
MRIYDSLAEFEVRLGGGRKWKRSVEAIGKVTCLSNDVAYSIGDSLTFRTGAARGLAEGRFAGRRRYHTVLYSVGGTVAVDVARKRGLLPVGAYSDLTDRESFVGS-GEPVLLREGGILIVDIYEAFRILRTSGA--RVVLVHVTVEGFSFPNKX

The most probable ancestral protein sequence without gaps is:
MRIYDSLAEFEVRLGGGRKWKRSVEAIGKVTCLSNDVAYSIGDSLTFRTGAARGLAEGRFAGRRRYHTVLYSVGGTVAVDVARKRGLLPVGAYSDLTDRESFVGSGEPVLLREGGILIVDIYEAFRILRTSGARVVLVHVTVEGFSFPNKX

The accuracy score for that sequence is 0.562057337748344

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable amino acids.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 4.90047805398312e-53
The natural log of that probability is -120.447677166289.

